A medida que la población aumentaba, la demanda por productos agrícolas crecía. Sumado a ello, la diferencia de durabilidad de productos, es decir que un hacha duraba más que una mazorca de maíz, ocasionó un desequilibrio en la economía, que derivó en un estancamiento en el comercio de intercambio

Ello dio origen a la búsqueda de "algo" que impulsara la economía, encontrándose en una concha, la ostra espinosa de labios rojos Spondylus, y en una trompeta, el caracol ritual Strombus, la solución al problema.

Esta concha y el caracol servían para propiciar las cosechas y predecir las épocas de intensas lluvias y sequías. La alta valoración cultural hizo que estos mariscos, que se encuentran en las profundidades de las costas del Pacífico, desde el Golfo de Guayaquil hasta baja California, se convirtieran en la piedra angular de la economía de esa época, expandiéndose su uso por todo el continente americano.

El descubrimiento de la cultura Valdivia lo debemos a Emilio Estrada Icaza quien en 1956, contando con el Carbono 14, pudo fechar los yacimientos que encontró, llegando a la conclusión de que la cultura Valdivia hacía cerámica 2500 años antes que los grandes asentamientos formativos de América, tales como las culturas Olmeca, de México, y Chavín, en Perú.

Los primeros pobladores de la cultura Valdivia en Real Alto comenzaron a construir sus viviendas 4000 años antes de Cristo. Estos asentamientos fueron sofisticándose, sentando las bases de lo que luego sería un gran centro ceremonial de la región. Este período, denominado por los arqueólogos como Fase Valdivia 1, comprende desde los 3900 hasta los 3400 a.C.

Debido al aumento de población, y el consecuente incremento de las viviendas, el asentamiento circular de la Fase Valdivia 1 dejó de ser un sistema manejable. Normalmente, cuando esto ocurre en otras culturas, el poblado se divide en dos. Sin embargo, ello no sucedió en Real Alto; el poblado, en vez de escindirse, se transformó, manteniéndose unido, más grande y más fuerte. La planta de esta urbe cambió de circular a rectangular, dejando en el medio una gran plaza, alrededor de la cual se generó el Real Alto del 3400 antes de Cristo.

Las fases Valdivia 4, 5 y 6 se dan en la costa ecuatoriana y, por ende, también en Real Alto, desde los 2800 hasta los 2000 a.C. En esta época se desencadena un gran cambio en la producción debido a la mejora de herramientas de cultivo, tales como azadas, picos hechos de concha de caracol y grandes cabezas de hacha de piedra pulida en forma "T". De esta manera se empieza a sembrar extensivamente en los bancos de los ríos Verde y Real. Una parte de los habitantes de Real Alto desplazaron sus viviendas hacia estos ríos con el fin de proteger los cultivos y cuidar de las cosechas, formando así cinco poblaciones satélites relacionadas política y económicamente con la aldea central.

La urbe de la Fase Valdivia 3 se reduce, acortándose el área ocupada por viviendas, que al norte de la aldea son reemplazadas por pozos de almacenaje de maíz y otros productos. Además, para esta época en Real Alto se comienza a vislumbrar el desarrollo de las artesanías.

En la Fase 4 y las dos siguientes, se perfecciona el hilado, el teñido y el tejido, así como el trabajo en concha, y se producen mejoras en la manufactura de cerámica y de los acabados de la misma.

Las sociedades Valdivia que vivían cerca del mar, emprendieron viaje a mar abierto y a mayor distancia, llegando a construir y poblar centros ceremoniales en la Isla de la Plata, en el litoral de Manabí. Aunque Real Alto se redujo de las 16 hectáreas de la fase 3, a 12 hectáreas, el tamaño de su área político-ceremonial aumentó, volviéndose un centro de reunión para las poblaciones de todo el valle.

Dos mil años antes de Cristo es el momento donde los arqueólogos determinan el cambio que caracteriza a la Fase Valdivia 7, que dura hasta los 1800 antes de Cristo. Allí los Valdivia empezaron a modificar el paisaje para volverlo más productivo. En la costa edificaron unos pequeños embalses que en el idioma nativo llamaron jagüeyes y ahora conocemos como albarradas; estas estructuras, construidas en las planicies con subsuelo permeable y semipermeable, retenían el agua, que se infiltraba lentamente en el subsuelo, del que era extraída mediante pozos no muy profundos. El suelo delante de las albarradas se humedecía y servía para sembrar. Solamente entre lo que hoy es la Libertad, San Lorenzo y Muey se construyeron poco más de 250 albarradas que hicieron posibles las grandes poblaciones prehispánicas en la zona.

Durante este período, Real Alto como lugar físico quedó estancado, pero su poder político siguió incrementándose. Algunos de sus habitantes se dirigieron hacia el Valle de Quito para intercambiar Spondylus y otros productos, tomando contacto  con pobladores de sitios como la Mena, Cotocollao Temprano y la encontradas en contextos Valdivia 7.

En esa época, las chacras que cultivaban otros pueblos de la cultura Valdivia al norte de Manabí y de la alta cuenca del Guayas, sufrieron un nuevo percance: la caída de ceniza volcánica que afectó los cultivos; esto los impulsó a conquistar las húmedas planicies del sur de Colimes de Balzar, de Yaguachi y de Samborondón. Actualmente, como entonces, esta área se inunda durante el invierno.

En un recorrido aéreo de Guayaquil a Quito podemos apreciar una serie de plataformas largas, algunas de formas raras, que hoy sabemos fueron hechas por nuestros campesinos prehispánicos a partir de los 2000 años antes de Cristo. Estas estructuras agrícolas, que van desapareciendo con la construcción de piscinas arroceras y para la piscicultura, se conocen por la gente del área como lomas, y los estudiosos las han llamado también campos de camellones.

Se trata de grandes zanjas de drenaje, donde la tierra negra extraída era colocada a lo largo y al costado de la zanja, creando una plataforma de cultivo que se mantenía fuera del agua, sobre la cual sembraban. El canal funcionaba como un río, rico en peces, tortugas, camarones y servía a una gran cantidad de aves acuáticas, como patos, garzas, gallaretas, entre muchas otras.

Con el tiempo, impulsados por el éxito de su invento, siguieron cavando canales y construyendo plataformas, llegando sus descendientes a transformar más de 42.000 hectáreas de humedales naturales o tembladeras, en humedales productivos de gran riqueza. Los Valdivia habían solucionado el problema del agua, lo cual los llevó a consagrar el éxito de una revolución neolítica en el Nuevo Mundo ecuatorial.